در انتخابات ۹۶ ابتدا صندوق‌های انتخابات ریاست جمهوری شمارش می شود
طی توافقی میان هیات مرکزی نظارت بر انتخابات شوراهای اسلامی با شورای نگهبان مقرر شد تا پس از رای‌گیری در روز ۲۹ اردیبهشت ماه ۱۳۹۶، ابتدا صندوق‌های آرای مأخوذه انتخابات ریاست جمهوری شمارش شود.
در جلسه هیات مرکزی نظارت بر انتخابات شوراهای اسلامی کشور که با حضور «علیرضا نیلچی» مدیرکل انتخابات شورای نگهبان، «محمد محمودی شاه‌نشین» رئیس هیات مرکزی نظارت بر انتخابات شوراهای اسلامی کشور و «حسین بحیرایی» دبیر اجرایی این هیات برگزار شد، تصمیم گرفته شد تا صندوق‌های آرای مأخوذه شوراهای اسلامی کشور بعد از پایان شمارش آرای صندوق‌های ریاست جمهوری شمارش شود.
همچنین در این جلسه مقرر شد تا ناظرمسئول شورای نگهبان، مقیم در شعبه رای‌گیری مسئولیت هماهنگی با مجریان انتخابات شوراهای اسلامی کشور درخصوص چیدمان عوامل صندوق و سایر موارد را بر عهده داشته باشد.
